Os cemitérios ainda não foram considerados irregulares, mas há a preocupação com a possibilidade de o necrochorume, líquido da decomposição dos cadáveres, vazar e transmitir doenças como hepatite A, tuberculose e escarlatina. Ele pode ainda contaminar solo e água, pois não há sistema de drenagem e tratamento em nenhum dos locais.
A questão é discutida pela Câmara Municipal e se tornou alvo de uma comissão parlamentar de inquérito denominada "CPI da Coordenadoria de Vigilância Sanitária". O licenciamento ambiental passou a ser exigido no Estado em 2002. Só em 2003, o Conselho Nacional do Meio Ambiente (Conama), do Ministério do Meio Ambiente, publicou as diretrizes nacionais.
Construídos antes de 2002, os 22 cemitérios públicos e 18 particulares não poderão ser licenciados, mas receberão um documento de adequação ambiental - equivalente ao licenciamento. O parecer será emitido pela Cetesb, após a análise dos laudos entregues no fim do ano. Caso o órgão não considere satisfatória a situação ambiental do cemitério ou as adequações sugeridas, advertências e multas serão aplicadas.
A Secretaria Municipal do Verde e Meio Ambiente diz que "todos os cemitérios da cidade precisam se adequar às exigências ambientais". Para o presidente do Sindicato dos Cemitérios e Crematórios Particulares do Brasil, Haroldo Moreira Felício, que responde pelos cemitérios de São Paulo, não existe o risco de contaminação por necrochorume. "Os cemitérios estão preparando estudos que comprovam que não existe contaminação no solo e nos lençóis freáticos."