A agricultura indiscriminada está provocando a erosão do solo, além de contaminá-lo com o uso excessivo de agrotóxicos. O resultado da destruição do solo é o assoreamento dos rios (bloqueio por terra), fenômeno que tem mudado a vida na região. Áreas que antes ficavam alagadas nas cheias e completamente secas quando as chuvas paravam, agora ficam permanentemente sob as águas. Também causaram grande impacto, nos últimos anos, o garimpo, a construção de hidrelétricas, o turismo desorganizado e a caça, empreendida principalmente por ex-peões que, sem trabalho, passaram a integrar verdadeiras quadrilhas de caçadores de couro.
Depois de 1989 o risco de um desequilíbrio total do ecossistema pantaneiro ficou mais próximo de se tornar uma triste realidade. A razão dessa ameaça era o megaprojeto de construção de uma hidrovia de mais de 3.400 km nos rios Paraguai (o principal curso de água do Pantanal) e Paraná - ligando Cáceres, no Mato Grosso, a Nova Palmira, no Uruguai. Apesar de o Governo ter abandonado a idéia de alterar (com a construção de diques e trabalhos de dragagem) o percurso do Rio Paraguai, a navegação ainda apresenta riscos. A degradação das matas ciliares, barrancos, meandros e leito do rio, em conseqüência da forma como a navegação está sendo executada atualmente, exigem medidas imediatas de recuperação e regulamentação das embarcações e de controle de tráfego.